O processo foi iniciado em dezembro de 1997, com o pedido da liminar. Porém essa liminar já foi negada logo ao mesmo mês. O Ministério Público Federal (MPF) ingressou no processo em fevereiro de 1998. Houve a contestação da CEUBAN em fevereiro de 1999. O Juiz em maio de 2000 aceitou a liminar solicitada pelo MPF, suspendendo o processo pelo prazo em que se realizaria as avaliações do MEC acerta da continuidade do curso de medicina. O Ministério da Educação, por meio de Ofício em março de 2003 informou o resultado da avaliação do INPE quanto ao reconhecimento do curso, o qual o Ministério recomentou o curso, porém não foi publicado na imprensa oficial a portaria de reconhecimento do curso. O Idec, então, solicitou, em junho de 2004, ao MEC a data da publicação, tendo em vista que depende a regularização da situação dos alunos que concluíram o curso de medicina em dezembro de 2003.

Com a publicação da portaria do MEC em dezembro de 2004, o qual regularizou a situação do curso, o Idec requereu a extinção do processo pela perda de seu objeto. Em junho de 2007 o juiz extinguiu o processo sem custas e honorários.

Porém, em setembro de 2007 o MPF entrou com recurso contra a decisão de extinção do processo. O processo foi encaminhado a segunda instância em novembro do mesmo ano. Encontra-se para decisão do recurso com desembargador desde abril de 2008.